На время карантина должен быть больничный,и отпускные дни,проведённые в карантине будут сохранены.И вряд ли какой шеф будет возникать,если речь идёт об эпидемии.Не сомневайтесь,а требуйте больничного.Ведь если бы Вы уже вышли на работу,вас бы всё-равно освободили до окончательного диагноза.