Единственное, что я могу сказать, так это то, что все документы обычно хранятся по месту нахождения учебного заведения. Только так. Других вариантов я не встречала. Но бывают и такие курьёзы, когда документы есть, а сотрудники отвечают, что их нет. Реально такие факты имели место. Поэтому сказать что-то другое про Ваш случай не могу. Духовная семинария - крупное учебное заведение. Не знать, что по нему есть документы невозможно. Тогда очтаётся один вариант - они просто утрачены. Попробуйте сделать запрос и спросить, не передавались ли документы когда-либо в другой архив. Если документы одного архива передаются в другой, то об этом остаются сведения. Но очень сомневаюсь, чт о они могли куда-либо передаваться. В любом случае надо проверить и такой вариант.