Руководство переселением возлагалось на НКВД с привлечением других ведомств. С 26 августа по 12 сентября 1941 вопрос о немцах СССР рассматривался на заседаниях Политбюро ЦК ВКП(б) 5 раз. Во исполнение постановления СНК и ЦК ВКП(б) 27 августа издан приказ наркома внутренних дел СССР Л. П. Берии № 001158 "О мероприятиях по проведению операции по переселению немцев из Республики Немцев Поволжья, Саратовской и Сталинградской областей". Приказ возложил проведение беспрецедентной по масштабам и характеру "операции" на заместителей наркома И. Серова и В. Чернышева, а также на начальника ГУЛАГа НКВД В. Наседкина. Для практического осуществления Д. в Поволжье направлялись 1550 сотрудников НКВД, 3250 работников милиции, 12150 красноармейцев из войск НКВД. Исполнителям предписывалось арестовать перед отправкой "антисоветский элемент"; в случае "перехода на нелегальное положение" репрессировать не только виновных, но и членов их семей; арестовать и депортировать в принудительном порядке отказывающихся переселиться и т. п. Постановление СНК и ЦК ВКП(б), равно как и документы НКВД носили закрытый характер. В печати был опубликован (30 августа) лишь принятый 28 августа 1941 Указ Президиума ВС СССР № 21-160 "О переселении немцев, проживающих в районах Поволжья", призванный задним числом придать Д. немцев "законный" характер.
В указе утверждалось, что по данным, полученным военными властями, "среди немецкого населения, проживающего в районах Поволжья, имеются тысячи и десятки тысяч диверсантов и шпионов, которые по сигналу, данному из Германии, должны произвести взрывы" в местах своего проживания. Поскольку сами немцы Поволжья подобных сведений властям не сообщали, делался вывод, что "немецкое население районов Поволжья скрывает в своей среде врагов Советского Народа и Советской Власти". Далее в указе говорилось: "В случае, если произойдут диверсионные акты, затеянные по указке из 1ермании немецкими диверсантами и шпионами в республике немцев Поволжья или в прилегающих районах и случится кровопролитие, Советское Правительство по законам военного времени будет вынуждено принять карательные меры против всего немецкого населения Поволжья". Основываясь на этих мотивах, Президиум ВС СССР признал необходимым "переселить все немецкое население, проживающее в районах Поволжья, в другие районы с тем, чтобы переселяемые были наделены землей и чтобы им была оказана государственная помощь по устройству в новых районах". Указ оказался единственным правовым актом 30-40-х гг., в котором содержалась попытка мотивировки решений о выселении российских немцев. В день публикации Указа СНК СССР утвердил инструкцию о порядке приемки имущества переселяемых колхозов и колхозников (постановление № 2016-95); в тот же день Берия издал приказ "О создании отдела спецпереселений НКВД СССР" во главе с майором госбезопасности И. Ивановым. Была утверждена инструкция по проведению переселения, которая определяла,